Gençlerbirliği'nde yetiştikten sonra Adanaspor, Antalyaspor, Kayserispor ve Rizespor'da forma giyen, bu arada yolu Ege'ye de düşen Denizlispor ve Manisaspor formalarını da giyen Cafer Aydın 354 lig maçında toplam 99 golle birlikte kariyerrinde bir başka rekora da imza attı.
Forvet oynamasına rağmen kulüp kariyeri boyunca 93 sarı, 6 kırmızı kart görerek, kendi çapında bir rekor kıran, Cafer attığı gollerden çok hırçınlığıyla ün yaptı. Tribünden kendisine el kol hareketi yapan yöneticisine küfür edince kulüp kariyerini bitirdi.
Orta sınıf takımlarda takımlarda yıldızı parlamasına karşın haksızlığa gelememesi ve dobra yapısıyla sürekli olayların içinde kalması onu hiç bir zaman zirvedeki golcü yapamadı. U18'de 9, U21'de 16 kez, 1997'deki başarılı bir performansıyla A Milli Takım'da da 2 kez Milli formayı giydi. 2007'de Erzincanspor'da futbolu bıraktı.
Yeni Malatya'da Vedat İnciefe'nin yerine geçerek teknik direktörlük kariyerinde sıçrama yapan Cafer Aydın bir çok ikinci ve 3.Lig kulübünde çalıştıktan sonra 2018'de Bayrampaşa'yı da şampiyon yaptı.
